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? 質(zhì)粒 DNA 少量快速提取實驗方案

更新時間:2025-10-21點擊次數(shù):15

一、材料、設(shè)備及試劑

(一)材料

含 pBS 的 E. coli DH5α 或 JM 系列菌株,1.5ml 塑料離心管 (又稱 eppendorf 管),離心管架。

(二)設(shè)備

微量取液器 (20μl,200μl,1000μl),臺式高速離心機,恒溫振蕩搖床,高壓蒸汽消毒器 (滅菌鍋),渦旋振蕩器,電泳儀,瓊脂糖平板電泳裝置和恒溫水浴鍋等。

(三)試劑

  1. LB 液體培養(yǎng)基 (Luria-Bertani):稱取蛋白胨 (Tryptone) 10g,酵母提取物 (Yeast extract) 5g,NaCl 10g,溶于 800ml 去離子水中,用 NaOH 調(diào) pH 至 7.5,加去離子水至總體積 1 升,高壓下蒸氣滅菌 20 分鐘。

  2. LB 固體培養(yǎng)基:液體培養(yǎng)基中每升加 12g 瓊脂粉,高壓滅菌。

  3. 氨芐青霉素 (Ampicillin, Amp) 母液:配成 50mg/ml 水溶液,-20℃保存?zhèn)溆谩?/p>

  4. 溶菌酶溶液:用 10mmol/L Tris?Cl (pH8.0) 溶液配制成 10mg/ml,并分裝成小份 (如 1.5ml) 保存于 - 20℃,每一小份一經(jīng)使用后便予丟棄。

  5. 3mol/l NaAc (pH5.2):50ml 水中溶解 40.81g NaAc?3H2O,用冰醋酸調(diào) pH 至 5.2,加水定容至 100ml,分裝后高壓滅菌,儲存于 4℃冰箱。

  6. 溶液 Ⅰ:50mmol/L 葡萄糖,25mmol/L Tris.Cl (pH8.0),10mmol/L EDTA (pH8.0)。溶液 Ⅰ 可成批配制,每瓶 100ml,高壓滅菌 15 分鐘,儲存于 4℃冰箱。

  7. 溶液 Ⅱ:0.2mol/L NaOH (臨用前用 10mol/L NaOH 母液稀釋),1%SDS。

  8. 溶液 Ⅲ:5mol/L KAc 60ml,冰醋酸 11.5ml,H2O 28.5ml,定容至 100ml,并高壓滅菌。溶液終濃度為:K+ 3mol/L,Acˉ 5mol/L。

  9. RNA 酶 A 母液:將 RNA 酶 A 溶于 10mmol/L Tris?Cl (pH7.5),15mmol/L NaCl 中,配成 10mg/ml 的溶液,于 100℃加熱 15 分鐘,使混有的 DNA 酶失活。冷卻后用 1.5ml eppendorf 管分裝成小份保存于 - 20℃。

  10. 飽和酚:市售酚中含有醌等氧化物,這些產(chǎn)物可引起磷酸二酯鍵的斷裂及導(dǎo)致 RNA 和 DNA 的交聯(lián),應(yīng)在 160℃用冷凝管進行重蒸。重蒸酚加入 0.1%的 8 - 羥基喹啉 (作為抗氧化劑),并用等體積的 0.5mol/L Tris?Cl (pH8.0) 和 0.1mol/L Tris?Cl (pH8.0) 緩沖液反復(fù)抽提使之飽和并使其 pH 值達到 7.6 以上,因為酸性條件下 DNA 會分配于有機相。

  11. 氯仿:按氯仿:異戊醇=24:1 體積比加入異戊醇。氯仿可使蛋白變性并有助于液相與有機相的分開,異戊醇則可起消除抽提過程中出現(xiàn)的泡沫。按體積 / 體積=1:1 混合上述飽和酚與氯仿即得酚 / 氯仿 (1:1)。酚和氯仿均有很強的腐蝕性,操作時應(yīng)戴手套。

  12. TE 緩沖液:10mmo/L Tris?Cl (pH8.0),1mmol/L EDTA (pH8.0)。高壓滅菌后儲存于 4℃冰箱中。

  13. STET:0.1mol/L NaCl,10mmol/L Tris·Cl(pH8.0),10mmol/L EDTA (pH8.0),5% Triton X-100。

  14. STE:0.1mol/L NaCl,10mmol/L Tris·Cl(pH8.0),1mmol/L EDTA (pH8.0)。

  15. 電泳所用試劑:(1)TBE 緩沖液 (5×):稱取 Tris 54g,硼酸 27.5g,并加入 0.5M EDTA (pH8.0) 20ml,定溶至 1000ml。(2)上樣緩沖液 (6×):0.25% 溴酚藍(lán),40% (w/v) 蔗糖水溶液。

二、操作步驟

(一)細(xì)菌的培養(yǎng)和收集

將含有質(zhì)粒 pBS 的 DH5α 菌種接種在 LB 固體培養(yǎng)基 (含 50μg/ml Amp) 中,37℃培養(yǎng) 12-24 小時。用無菌牙簽挑取單菌落接種到 5ml LB 液體培養(yǎng)基 (含 50μg/ml Amp) 中,37℃振蕩培養(yǎng)約 12 小時至對數(shù)生長后期。

(二)質(zhì)粒 DNA 少量快速提取

質(zhì)粒 DNA 小量提取法對于從大量轉(zhuǎn)化子中制備少量部分純化的質(zhì)粒 DNA 十分有用。這些方法共同特點是簡便、快速,能同時處理大量試樣,所得 DNA 有一定純度,可滿足限制酶切割、電泳分析的需要。

1. 煮沸法

  1. 將 1.5ml 培養(yǎng)液倒入 eppendorf 管中,4℃下 12000g離心 30 秒。

  2. 棄上清,將管倒置于衛(wèi)生紙上幾分鐘,使液體流盡。

  3. 將菌體沉淀懸浮于 120ml STET 溶液中,渦旋混勻。

  4. 加入 10ml 新配制的溶菌酶溶液 (10mg/ml),渦旋振蕩 3 秒鐘。

  5. 將 eppendorf 管放入沸水浴中,50 秒后立即取出。

  6. 用微量離心機 4℃下 12000g 離心 10 分鐘。

  7. 用無菌牙簽從 eppendorf 管中去除細(xì)菌碎片。

  8. 取 20ml 進行電泳檢查。

[注意] 1. 對大腸桿菌可從固體培養(yǎng)基上挑取單個菌落直接進行煮沸法提取質(zhì)粒 DNA。

2. 煮沸法中添加溶菌酶有一定限度,濃度高時,細(xì)菌裂解效果反而不好。有時不同溶菌酶也能溶菌。

3. 提取的質(zhì)粒 DNA 中會含有 RNA,但 RNA 并不干擾進一步實驗,如限制性內(nèi)切酶消化、亞克隆及連接反應(yīng)等。

2. 堿法

  1. 取 1.5ml 培養(yǎng)液倒入 1.5ml eppendorf 管中,4℃下 12000g 離心 30 秒。

  2. 棄上清,將管倒置于衛(wèi)生紙上數(shù)分鐘,使液體流盡。

  3. 菌體沉淀重懸浮于 100μl 溶液 Ⅰ 中 (需劇烈振蕩),室溫下放置 5-10 分鐘。

  4. 加入新配制的溶液 Ⅱ200μl,蓋緊管口,快速溫和顛倒 eppendorf 管數(shù)次,以混勻內(nèi)容物 (千萬不要振蕩),冰浴 5 分鐘。

  5. 加入 150μl 預(yù)冷的溶液 Ⅲ,蓋緊管口,并倒置離心管,溫和振蕩 10 秒,使沉淀混勻,冰浴中 5-10 分鐘,4℃下 12000g 離心 5-10 分鐘。

  6. 上清液移入干凈 eppendorf 管中,加入等體積的酚 / 氯仿 (1:1),振蕩混勻,4℃下 12000g 離心 5 分鐘。

  7. 將水相移入干凈 eppendorf 管中,加入 2 倍體積的無水乙醇,振蕩混勻后置于 - 20℃冰箱中 20 分鐘,然后 4℃下 12000g 離心 10 分鐘。

  8. 棄上清,將管口敞開倒置于衛(wèi)生紙上使所有液體流出,加入 1ml 70%乙醇洗沉淀一次,4℃下 12000g 離心 5-10 分鐘。

  9. 吸除上清液,將管倒置于衛(wèi)生紙上使液體流盡,真空干燥 10 分鐘或室溫干燥。

  10. 將沉淀溶于 20μl TE 緩沖液 (pH8.0,含 20μg/ml RNaseA) 中,儲于 - 20℃冰箱中。

[注意] 1. 提取過程應(yīng)盡量保持低溫。

2. 提取質(zhì)粒 DNA 過程中除去蛋白很重要,采用酚 / 氯仿去除蛋白效果較單獨用酚或氯仿好,要將蛋白盡量除干凈需多次抽提。

3. 沉淀 DNA 通常使用冰乙醇,在低溫條件下放置時間稍長可使 DNA 沉淀。沉淀 DNA 也可用異丙醇 (一般使用等體積),且沉淀全,速度快,但常把鹽沉淀下來,所以多數(shù)還是用乙醇。


3. Wizard 少量 DNA 純化系統(tǒng)

Promega 公司的 Wizard 少量 DNA 純化系統(tǒng)可快速有效的抽提質(zhì)粒 DNA,整個過程只需 15 分鐘。提取的質(zhì)粒可直接用于 DNA 測序、酶切分析和體外轉(zhuǎn)錄等。

該系統(tǒng)中所含試劑和柱子可以用于 50 次 1-3ml 質(zhì)粒培養(yǎng)液的分離和純化,試劑包括 10ml 細(xì)胞懸浮液,10ml 細(xì)胞裂解液;10ml 中和液,50ml Wizard 少量 DNA 純化樹脂,50ml 柱洗液(使用前加 95% 乙醇至 120ml) 和 50 支 Wizard 微型柱。

  1. 1-3ml 過夜培養(yǎng)細(xì)胞液 4℃下 12000g 離心 1-2 分鐘。

  2. 去除上清液,菌體細(xì)胞懸浮于 200μl 細(xì)胞懸浮液中,充分混合,并移入 eppendorf 管中。

  3. 加 200μl 細(xì)胞裂解液,顛倒離心管數(shù)次,直到溶液變清亮。

  4. 加 200μl 中和液,顛倒離心管數(shù)次。

  5. 4℃下 12000g 離心 5 分鐘,取上清液于新的 eppendorf 管中。

  6. 加 1ml Wizard 少量 DNA 純化樹脂,顛倒離心管數(shù)次以充分混勻。

  7. 取一次性注射器,取出注塞,并使注射筒與 Wizard 微型柱連接,用移液槍將上述混合液加入注射筒中,并用注塞輕推,使混合物進入微型柱。

  8. 將注射器與微型柱分開,取出注塞,再將注射筒與微型柱相連,加入 2ml 柱洗液,并用注塞輕推,使柱洗液進入微型柱。

  9. 取出微型柱置于 eppendorf 管中,離心 2 分鐘以除去微型柱中的柱洗液。

  10. 將微型柱放在一個新 eppendorf 管中,加 50μl TE (或水) 于微型柱中,靜止 1 分鐘后,4℃下 12000g 離心 20 秒。

  11. 丟棄微型柱,將 eppendorf 管中的質(zhì)粒 DNA 貯于 4℃或 - 20℃冰箱。

[注意] 樹脂使用前應(yīng)充分混勻,如有結(jié)晶,可將樹脂用 25-37℃水浴處理 10 分鐘。

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